通勤手当は基本的に非課税ですが、具体的には以下のような取り扱いになっています。

○公共交通機関を利用する場合

非課税限度額
現金で支給する通勤手当

１ヶ月当りの合理的な運賃等の額。

（最高限度１０万円）
通勤定期券、乗車券などで支給する通勤手当

○自動車等で通勤する場合

通勤のため自動車等で通勤する者が受ける通勤手当のうち、非課税とされる金額は下記の表のようになります。
・通勤距離が片道55キロメートル以上である場合・・・31,600円
・通勤距離が片道45キロメートル以上55キロメートル未満である場合・・・28,000円
・通勤距離が片道35キロメートル以上45キロメートル未満である場合・・・24,400円
・通勤距離が片道25キロメートル以上35キロメートル未満である場合・・・18,700円
・通勤距離が片道15キロメートル以上25キロメートル未満である場合・・・12,900円
・通勤距離が片道10キロメートル以上15キロメートル未満である場合・・・7,100円
・通勤距離が片道２キロメートル以上10キロメートル未満である場合・・・4,200円
・通勤距離が片道２キロメートル未満である場合・・・全額課税