欠勤控除を行う会社は多いと思いますが、社員を入社させる際に完全月給制として雇い入れている場合、あるいは、就業規則、賃金規程等で完全月給制が明記されている場合などは、完全月給制となり、原則として欠勤控除できません。よって、欠勤控除を行う場合は、まず、雇用契約書、賃金規程などを確認してください。
完全月給制以外の場合（日給月給制など）は、欠勤控除を行うことができますが、欠勤控除の方法は主に以下の２種類があります。
① 欠勤控除額＝その月の月給額／年間平均所定労働日数×欠勤日数
② 欠勤控除額＝その月の月給額／その月の所定労働日数×欠勤日数
労働基準法には、欠勤控除に関する規定がありませんのどちらを使っても問題はありませんが、賃金規程等に規定がある場合は、それに従うことになります。
ただ、上記①を使用する場合は、少し注意が必要です。
例えば、会社の年間平均所定労働日数が２２日の会社で、ある休日が多い月で所定労働日数が18日の月にたまたま長期欠勤をし１日も出勤しなかった者がいた場合、本来であれば１日も出勤していないわけですから給与は０になるはずです。しかし、上記①の方法で計算すると「その月の月給額－（（その月の月給額÷22日）×18日）」という計算になり４日分の給与が支給されることになってしまいますので、このあたりのことは賃金規程にしっかりと規定しておく必要があります。